菌落計數是微生物實驗中普遍的實驗之一，菌落計數器利用圖像采集器采集圖像,通過計算機對圖像進行分析,自動計數和測量細菌在固體培養基上生長而形成的肉眼可見的菌落或菌斑，是統計物品含菌數的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛生用品、飲用水、生活污水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。
菌落計數器的使用方法：
1、將電源插頭插入220伏電源插座內。
2、將計數筆插頭插入儀器上的插孔內。
3、將電源開關撥向“開”，計數池內燈亮，同時數字顯示應為“000”，表示允許進行計數。如數字不為“000”，應按復零鍵
4、將待檢的培養皿(皿底朝上)，放入計數池內。
5、用計數筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數。每個數一個應聽到“嘟”聲才說明有效，否則應重點。此時，點到的菌落被標上顏色，顯示數字自動累加。
6、用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏，計數即已完畢。
7、顯示的數字即為該培養皿內的菌落數。
8、記錄數字后取出培養皿。按復“0”鍵，顯示恢復“000”，為另一培養皿的計數作好準備。
菌落計數器的注意事項：
1、儀器應放置在平整牢固的實驗臺上使用。
2、點數菌落時，計數筆不要過于傾斜，輕輕點下至有彈跳感，聽到“嘟”聲即可，如點按過重，易損壞計數筆。
3、儀器應防潮、防劇烈震動、防直接日光暴曬、防酸堿侵蝕，用后應加防塵罩。
4、注意防止細菌污染計數池。
5、如儀器發生不計數的問題，可按檢驗鍵。如計數，說明計數筆壞。如仍不計數，說明儀器本身有問題，若發現故障，請不要隨意拆卸，應請有經驗的技術人員檢修。
